Sloane se retrouve chargée par Vance de s'assurer du moral de l'équipe après le retour soudain de Ziva et de procéder à une évaluation psychologique de chacun des agents du NCIS concerné par cette affaire.
Épisode 1
Alors qu'il la croyait morte, Gibbs voit surgir Ziva David, venue le prévenir d'un danger imminent. Sous les radars depuis près de 6 ans, Ziva est désormais déterminée à éliminer celle qui veut sa mort pour enfin retrouver Tony et leur fille Tali…
Épisode 2
Avec leurs vies menacées, l'enquête de Gibbs et Ziva prend une tournure inattendue quand un possible complot terroriste se révèle.
Épisode 3
Après la découverte du corps d'un Lieutenant de la Marine sous un camion, l'équipe du NCIS doit remonter le parcours du véhicule pour retrouver la scène de crime et de potentiel suspect. Pendant ce temps, Sloane encourage l'équipe à parler tous ensemble du retour de Ziva.
Épisode 4
L'équipe du NCIS fait le lien entre une scène de crime étrange au cimetière National d'Arlington et une série d'attaque contre des vétérans sans domicile fixe. Pendant ce temps, Vance ordonne à McGee, Bishop et Torres de faire des heures de rangement du garage des scellés pour lui avoir caché des informations.
Épisode 5
Le NCIS enquête sur le Caporal de Marine Laney Alimonte après que les preuves suggèrent qu'elle ait assassiné son voisin alors qu'elle est traitée pour insomnie par un hypnothérapeute. Aussi, Gibbs se lie avec ses voisins après que leur enfant de 9 ans ait envoyé une balle de baseball à travers sa fenêtre.
Épisode 6
Après que le fils d'un officier de la marine soit assassiné à sa fête "de bon retour à la maison post-prison", les preuves suggèrent que le meilleur ami de Kasie depuis longtemps, Dante Brown, serait le coupable.
Épisode 7
Alors qu'ils enquêtent sur le meurtre d'un Marine, l'équipe du NCIS découvre un labyrinthe de caméras espions cachées dans les chambres d'un motel de Virginie.
Épisode 8
L'équipe du NCIS enquête sur le meurtre d'un musicien du prestigieux orchestre de la Navy qui se produit lors d'événements diplomatiques à travers le monde.
Épisode 9
L'équipe du NCIS enquête sur le meurtre d'un officier de marine qui a été filmé en direct sur une application de jeu populaire. Aussi, Gibbs garde son petit voisin de 9 ans, Phineas, quand sa mère doit partir de façon imprévu.
Épisode 10
Gibbs et l'équipe aident Ziva avec "la dernière chose" qu'elle a dit devoir faire avant de retrouver sa famille.
Épisode 11
Gibbs doit faire face à la réalité de ses actions après avoir aidé Ziva avec "la dernière chose" qu'elle disait avoir à faire avant de retrouver sa famille.
Épisode 12
L'équipe du NCIS enquête sur le crash d'un F-18 et la disparition ultérieur du pilote qui dirigeait l'appareil. Aussi, McGee discute, à contre-coeur, d'une décision très personnel avec ses coéquipiers.
Épisode 13
Après qu'un corps a été retrouvé sur un site de drône miniature militaire, le NCIS doit déterminer s’il s'agit d'un meurtre ou d'un accident. Aussi Palmer s'entretient avec de des candidats assistants médico-légaux.
Épisode 14
Après que Torres et Bishop aient été victimes d'un accident avec délit de fuite, Torres se bat pour survivre aux soins intensifs.
Épisode 15
Le suspect principal d'une affaire de meurtre du NCIS est une femme que l'ami de Gibbs, Phillip Brooks, a rencontré sur un site de rencontre. Aussi, Sloane a un admirateur secret pour la Saint Valentin.
Épisode 16
L'équipe tente de reconstituer la façon dont un officier de la marine à la retraite a obtenu une pièce rare et précieuse en s'imaginant vivre la vie de l'officier.
Épisode 17
Alors que l'équipe du NCIS enquête sur la mort d'un officier de la Navy tué de la même façon que ces parents dix ans plus tôt, ils découvrent un container de stockage plein de maisons de poupées qui représentent des scènes de crimes. Aussi, l'équipe se met d'accord pour faire du rangement dans leur espace mais certains ont plus de mal à dire au revoir à leurs affaires que d'autres.
Épisode 18
L'équipe cherche des réponses quand le corps d'un technicien de réserve de la Navy très apprécié est retrouvé flottant sur un lac où un événement populaire a lieu. Par ailleurs, Sloane est surprise quand sa fille, Faith, lui fait une demande inattendue.
Épisode 19
Suite à un braquage qui a mal tourné durant la Saint-Patrick, les braqueurs se réfugient et se cachent de la police dans le Dinner préféré de l'équipe où sont Palmer et Kasie en attendant d'aller au travail commencer l'enquête sur un mort, qui est issu du groupe de braqueurs. Il s'ensuit une longue prise d'otage qui sera réglée par un subterfuge de Kasie et grace aux talents de Gibbs, Torres et Bishop.
Épisode 20
Une médaille Purple Heart (médaille décernée pour les tués ou les blessés en temps de guerre) a été volée chez un amiral et cachée par un survivant de Pearl Harbor.