Le couple de milliardaires Thomas et Martha Wayne est retrouvé assassiné. Le mystérieux tueur chargé de la basse besogne laisse derrière lui un orphelin, leur fils Bruce. Laissé aux bons soins du majordome Alfred Pennyworth, le jeune homme décide de découvrir l'identité de l'assassin. Jim Gordon, officier de police fraîchement promu au sein de la brigade criminelle de Gotham City est chargé de l'enquête avec son partenaire Harvey Bullock, un policier qui connaît la ville comme sa poche mais aussi les criminels qui la peuplent. Le policier va découvrir au gré de l'affaire qu'une vaste conspiration est à l'origine de l'assassinat. Alors qu'une guerre des gangs sans précédent menace la ville et ses concitoyens, on voit émerger une toute nouvelle génération de criminels avec parmi eux, le plus dangereux : Le Pingouin.
Épisode 1
Le nouvel inspecteur James Gordon et son coéquipier Harvey Bullock enquêtent sur le meurtre des parents milliardaires du petit Bruce Wayne.
Épisode 2
Gordon et Bullock enquêtent sur une affaire de trafic humain. Le Pingouin se rapproche progressivement de Gotham.
Épisode 3
Gordon et Bullock sont à la recherche d'un justicier qui tue les habitants corrompus de Gotham en les attachant à des ballons météorologiques.
Épisode 4
Alors que le projet de réaménagement du quartier d'Arkham doit être voté prochainement, les hommes politiques des deux bords sont en danger.
Épisode 5
Gordon et Bullock cherchent d'où vient cette nouvelle drogue qui provoque l'euphorie, puis la mort. Cobblepot s'immisce dans le cercle restreint de Maroni.
Épisode 6
Alors qu'un tueur s'en prend à la fille de l'une des riches familles de Gotham, Bullock revit des souvenirs traumatisants.
Épisode 7
Le Pingouin révèle un nouvel élément de sa stratégie manipulatrice. Gordon doit alors gérer les conséquences de la décision qu'il a prise d'épargner la vie du Pingouin.
Épisode 8
Un homme est retrouvé mort après une bagarre. Gordon et Bullock cherchent à comprendre ce qui s'est passé. Bruce retourne à l'école, où il a du mal à se faire des amis.
Épisode 9
Harvey Dent, qui essaie de résoudre le meurtre des Wayne, encourage Gordon à faire équipe avec le maire Aubrey James. Le Pingouin contacte Liza, l'arme secrète de Mooney.
Épisode 10
Selina essaie d'échapper à ses assassins à Gotham. Gordon est réaffecté à une autre mission à cause d'une maladresse.
Épisode 11
Muté dans l'asile d'Arkham, Gordon commence son nouveau travail sur les chapeaux de roues, avec le meurtre d'un gardien. L'enquête le conduit jusqu'à Leslie Thompkins.
Épisode 12
Dans l'espoir de récupérer son poste, Gordon essaie de capturer Jack Gruber, une sorte de savant fou qui s'est échappé de l'asile d'Arkham.
Épisode 13
Le témoin clé d'un homicide décède pendant sa garde à vue. Gordon soupçonne un coup monté de l'intérieur et consulte un vieil ami pour essayer de comprendre.
Épisode 14
Fish parle à Maroni du double jeu de Cobblepot. Gordon et Bullock pourchassent un tueur qui cible des personnes atteintes de phobies.
Épisode 15
Gordon et Bullock veulent arrêter un professeur de biologie qui prélève des organes sur les victimes de ses meurtres. Mooney continue à comploter pour prendre du pouvoir.
Épisode 16
Gordon emmène Leslie au cirque, mais un meurtre a eu lieu au sein de la troupe. Falcone fait appel à Butch Gilzean pour aider le Pingouin avec la boîte de nuit.
Épisode 17
Après plusieurs cambriolages de banques, Gordon et Bullock enquêtent sur un gang de braqueurs. Selina Kyle continue à se rapprocher de Barbara.
Épisode 18
Gordon recherche des informations qui pourraient compromettre Loeb. L'allégeance de Fish envers les prisonniers est remise en question.
Épisode 19
Gordon et Bullock enquêtent sur une affaire centrée sur un tueur en série qui cible les jeunes femmes de Gotham. Fish organise son évasion de la clinique.
Épisode 20
Gordon et Bullock enquêtent sur l'Ogre, qui se rapproche d'une personne proche de Gordon. Bruce et Selina montrent que le conglomérat Wayne Enterprises est corrompu.
Épisode 21
L'Ogre manipule Barbara alors que Gordon et Bullock font tout pour le retrouver. Le Pingouin est à l'origine d'un massacre qui va déclencher une guerre épique.
Épisode 22
La guerre des gangs de Gotham atteint un point critique. Fish Mooney, Maroni et le Pingouin se disputent la tête de la pègre.